לאורך שנות פעילותה של החווה התקבלו ופורסמו תלונות רבות, הן בכתב והן בעל פה, של גורמים מקצועיים ומחניכים לשעבר של החווה שהתריעו על קיום אירועים חריגים בחווה, שהיה בהם כדי לסכן את הקטינים השוהים במקום. בנוסף לכך, במהלך שנות קיום החווה התפרסמו מספר כתבות אשר העלו חשדות לקיום אירועים חריגים בתוך החווה, מינהל לא תקין ואף חשד לעבירות פליליות ואלה העלו סימני שאלה גדולים לגבי כשירותו של מר יוסי בר יוסף (יוסי שדה) לשמש כמנהלה של החווה.
בחודש מאי 2008 התפרסמה כתבה נוספת אשר העלתה כאמור חשד למנהל לא תקין, עבירות פליליות ואירועים חריגים רבים וכן תיארה את מר שדה באופן שהיה בו, לכל הפחות, כדי לשלול את מסוגלותו והתאמתו, לנהל את חוות ״שדה בר״ באופן ראוי. לשם כך הוקמה הוועדה אשר בסופה של דבר המליצה על סגירת חוות שדה בר באופן מידי.
מינוי הוועדה לחקר האירועים בחוות שדה בר
בתאריך 28 באוקטובר 2009 מינה מנכ״ל משרד הרווחה והשירותים החברתיים, מר נחום איצקוביץ, ועדה לבדיקת המסגרת ״שדה בר״.
עו״ס אמה רחמים, פק״ס מחוזית לחוק הנוער(טיפול והשגחה), חברה.
על-פי כתב המינוי, על הוועדה הוטל לבדוק אם ׳׳במסגרת חוות שדה בר התבצעו או שמתבצעים פעולות, מצבים ואירועים חריגים, אשר עלולים לפגוע או לסכן את הקטינים השוהים במקום.״ להורדת הדוח המלא של הוועדה
ציטוטים מרכזיים מתוך דוח הוועדה :
"מר שדה הוא היוזם, המקים ומנהלה הראשון של החווה. אין,לו הכשרה פורמאלית בתחום החינוך, הטיפול והניהול ובהקימו את החווה היה גם חסר ניסיון בנושאים אלה."
"מר שדה תואר בדבריהם של רוב מוחלט של העדים כאדם שאינו נצמד לאמת בדבריו, נוטה. למניפולציות, גם כאלה אשר פוגעות באופן ישיר בנפשותיהם של החניכים. לפי דבריהם, מר שדה מאמין כי המטרה מקדשת את האמצעים ואינו נרתע מלסלף עובדות על-מנת לקדם את רעיונותיו ואת טובתם של מי שהוא רוצה ביקרם. (ע"מ 17 בדוח).
" עוד שוכנעה הוועדה כי התנהלותו ״האנטי ממסדית״ של מר שדה, הקרינה באופן ישיר על היעדר היכולת של המקום להתנהל על-פי נורמות המתבקשות ממוסד ציבורי בכלל וממוסד חינוכי- טיפולי בפרט. רצונו של מר שדה לקיים מסגרת שאינה כפופה לנורמות כל שהן, היא שקבעה שבחווה לא יהיה רישום, לא יהיה תיעוד או דיווח. הוא הנהיג את תרבות ה ״אנחנו והם״ על פיה כל מי שלא ״אנחנו״, הוא ״עוין לנו ומסכן את קיומינו״ לרבות הממסד, המשפחה הביולוגית, מוסדות המדינה כגון משטרה, רשויות הרווחה ושב״כ, חניכים שעזבו את החווה ועוד. " (ע"מ 17 בדוח).
מר שדה הצליח ליצור בקרב חניכיו תלות מוחלטת בו ובו בלבד כשבתמורה הוא הבטיח אהבה ותחושת שייכות, שרבים מהחניכים חסרו אותה. הוא השתמש בתלות זו גם כדי לקדם אותם אך גם כדי לשלוט בכל אשר מתרחש, לא רק בחווה, אלא אף בתוך נפשותיהם של החניכים, והכל, על-פי רצונו הבלעדי. (ע"מ 18 בדוח).
מסקנות הוועדה
בעקבות הממצאים הקשים, הוועדה החליטה כי הסכם ההתקשרות (סמל המעון) בין משרד העבודה והרווחה לבין חוות שדה בר (עמותת בית עציון) לא יוכל להמשיך להתקיים. כתוצאה מכך בני הנוער ששהו במסגרת, הוצאו ממנה. והסכם ההתקשרות בוטל.
חוות שדה בר נהפך לישוב רגיל ומתפקד כך עד היום. יוסי בר יוסף (יוסי שדה), ממשיך לנהל את עמותת בית עציון, אך משכיר את מבני החווה לאנשים ולעסקים פרטיים תחת הכיסוי "של עזרה לבני נוער".